Expédition Venomics en Polynésie

Très intéressant...
Pour avoir utilisé la technique de congélation. c'est vrai que cela marche assez bien pour extraire l'animal de la coquille.

En tout merci Christophe pour ces vidéos, l'aspect recherche scientifique est toujours très intéressant

Petite question : quel est l'intérêt de récupérer l'appareil à venin chez les cônes par rapport à la méthode dite de "milkage" employée en Australie par notre ami Sébastien (Gauguini sur le forum ) et proche donc de la méthode pour étudier les venins de serpents ?
NB : Sébastien a, en 2012, partagé une video de "milkage" de cônes .

La je ne suis pas un spécialiste.
Je présume que cela permet d'en obtenir plus d'un coup.
J'imagine que des spécialistes de la chose pourront répondre mieux que moi.

Je devrais pouvoir repondre a cette question :

Il est vrai que je suis en faveur du "milking", qui permet de garder les animaux vivants, et de prelever le venin regulierement en petites quantites. La plupart des chercheurs n'ont pas la patience, l'equipement, la connaissance, ou simplement la volonte de le faire. Il est evidemment beaucoup plus simple de sacrifier l'animal et d'extraire la glande a venin...seulement, lorsque d'avantage de venin est necessaire, il faut sacrifier de nouveau des cones. Pas tres "ethique"...

Contrairement a ce que j'ai lu, beaucoup d'especes se pretent au milking, pas seulement les piscivores, mais tous les malacophages egalement, et une bonne partie des vermivores. Encore une fois, il faut une bonne dose de patience, etre observateur, et gamberger un peu...

En ce qui concerne le projet Venomics, le but est de recuperer le maximum de sequences de toxines pour un maximum d'especes. La technique la plus efficace est d'extraire l'information genetique contenue dans la glande a venin. Pour cela, la glande doit etre dissequee sur l'animal vivant, car la molecule contenant cette information genetique (l'ARN, petit frere de l'ADN) est tres fragile et se degrade aussitot l'animal sacrifie (d'ou la "massette"). La encore, je dirai qu'il est possible de recuperer l'animal sans casser la coquille, mais pour les especes vraiment communes, j'en conviens, il n'y a pas lieu de s'embeter!

Voila voilli, d'autres questions?

Nous avons aussi un membre du forum qui est chercheur ici a Brisbane ( Australie), je le fournis regulierement en cone pour ses etudes et a une autre solution pour le prelevement des venins c est le milkage.....
C est notre ami Sebastien alias "gauguini".... qui devrait certainement se manifester suite a la création de ce post ...tres intéressant....

Voici un film que j avais fait lors d une demo de Sebastien sur le prelevement de venin.....
 

Merci Sébastien .En te lisant ,j'ai la réponse parfaite à ma question .Au fait ,Thierry ,depuis ton petit stage auprès de Sébastien ,as-tu continué dans l'expérience récolte de venin ?

Avant mon départ pour Tahiti, je prend le temps de vous poster une partie des coquillages que j'ai pu ramener de notre expédition tahitienne d'avril. bien sur ils ne sont pas paraffinés sur les images, c'est au sorti de la javel ;)Il y a pas mal de coquilles "fresh dead & crabbed" mais en bon état.







EDIT : Voici des images de Conus tulipa, Conus catus et Conus retifer, communs aux Tuamotu (peu fréquents sur Tahiti de nos jours) :








Et voilà l'équipe : Fred. Ducancel, Pierre Escoubas, moi-même & Michel Balleton




et sur celle-là vous voyez votre cher globe trotteur Patrick Marti :



La suite dans le XENO et le TCC :)

A++++
DAVID

La bestiole bleu et noir dans le retifer : un bernard de cette couleur ?

waouuu vous etes tombes dans un nid de retifer... dire que c'est si rare par ici...

Canela a écrit:La bestiole bleu et noir dans le retifer : un bernard de cette couleur ?

Oui il est bernardisé, par chance (un de plus pour la collection).

Whiteshark a écrit:waouuu vous etes tombes dans un nid de retifer... dire que c'est si rare par ici...

A Tahiti aussi c'est rare. Mais aux Tuamotu, c'est un des trois cônes les plus communs du récif !! C'est trop fort. En plus c'est un très joli cône. je vous ferai de la macro sur mes spécimens de MAKEMO, il y a en a de très pâles sur fond bleuté et d'autres qui tirent sur la variation des Marquises, beaucoup plus fonçés.

Super collecte, Pierre et Fred devaient etre ravi . Je suis jaloux des retifer, et des catus surtout! Apres, et c'est la un avis purement perso, une trentaine de tulipa me parait beaucoup, voir trop, meme pour le projet Venomics...une dizaine d'adultes, c'etait largement suffisant, et le reste pouvait retourner a l'eau (surtout les juveniles!)...

Si je me permets de dire cela, et sans animosite, c'est parce que j'ai pu obtenir beaucoup de resultats avec parfois un seul specimen que me ramenait Thierry ...alors a nous de montrer l'exemple en tant que scientifiques responsables

 tout a fait d'accord gauguini y compris pour les collectionneurs purs et même s'il s'agit de pièces réputées rares 
 ( donc chères à la revente!  )
c'est du moins mon opinion
bernard

gauguini a écrit:Super collecte, Pierre et Fred devaient etre ravi . Je suis jaloux des retifer, et des catus surtout! Apres, et c'est la un avis purement perso, une trentaine de tulipa me parait beaucoup, voir trop, meme pour le projet Venomics...une dizaine d'adultes, c'etait largement suffisant, et le reste pouvait retourner a l'eau (surtout les juveniles!)...

Si je me permets de dire cela, et sans animosite, c'est parce que j'ai pu obtenir beaucoup de resultats avec parfois un seul specimen que me ramenait Thierry ...alors a nous de montrer l'exemple en tant que scientifiques responsables

C'est un point important. Je pars dans quelques heures, alors je vais essayer de répondre précisément. :)

En fait la photo est prise après le tri. Donc au sortir de l'eau. Oui après les juvéniles sont remis. Et personnellement je me suis battu pour remettre à l'eau les surplus chaque jour j'ai remis à l'eau des centaines de cônes :)

Tu me parles de résultats sur quoi ? Le barcoding ? Le venin ? Le transcriptome ? Parceque pour le barcoding un infime morceau de pied suffit, même de la poussière de pied bien sèche fait l'affaire. Par contre pour le transcriptome, un seul spécimen c'est jouer la mission à pile ou face. Idem pour le venin. La quantité extraite est infime. De plus chaque espèce a un venomduck variable, certaines espèces ont de minuscules conduits et ils extraient peu de matériel.

Les premières techniques nécessitaient 200 spécimens il y a 10 ans. Là on est à une dizaine (si grosse espèce) et ils m'expliquaient que d'ici 5 ans 1 spécimen suffirait.
Quand je vivais sur Moorea, un labo US m'a contacté pour que je leur envoie vivants 200-300 Conus textile. j'ai refusé. A l'opposé on a eu le barcode de Cypraea surinamensis grace à notre spécimen de Martinique. L'étude a été faite sur de la poussière... ))

Après scientifiquement, un seul spécimen n'est pas DU TOUT représentatif. Ce n'est pas du travail sérieux par exemple de barcoder 1 seul pied d'une espèce. Bien sur Si on en a qu'un seul ok t'as pas le choix; mais tu dois au grand minimum choper 3 individus. Avec un seul tu travailles sur au niveau individuel, avec 10 tu bosses sur l'espèce. Chris Meyer que j'ai emmené à Moorea collecter les cônes, avait besoin il y a 10 ans de 10 spécimens au minimum pour exemple (BARCODING)mais il preferrait assurer et il collectait 20 spécimens si l'espèce était abondante.

D'ailleurs en cas d'erreur d'identification (car on travaille sur du matériel frais, encroutés,etc... pas le temps de les nettoyer) si tu barcodes un spécimen nouveau (hors banque de donnée), tu ne pourra pas matcher.

Après, si une mission part à l'autre bout du monde, (cf. les missions des Muséums), c'est pour revenir avec du matériel. Et là il n'y a pas de place pour la sensiblerie.
Regardez les pêches aux Marquises du MURORSTOM 9 : Conus marchionatus sur la station Ilot Tenuaua, 10-15m 78 lv !!!!!!! Sur le même spot il a été pêché 78 cônes de la même espèce... ça fait pas pitié ?

Le soucis c'est qu'en tant que collectionneurs, nous on fait pire. Les coquillages sont tués sans apporter de valeur scientifique. L'animal est détruit sans servir à personne. Lorsqu'un collectionneur achète 1 porcelaine aurantium, ce qu'il ne voit pas c'est que des milliers de spécimens de cette espèce sont péchés pour espérer contenter le marché...  cf. le massacre aux Philippines. C'est d'ailleurs cette surpêche qui donne une côte complètement fausse des coquillages, qui n'est pas du tout en rapport avec la rareté réelle des espèces. C'est un autre débat, mais quand je vois la difficulté à collecter certaines espèces et qu'on les propose à 5€... c'est qu'il y a une surpêche évidente.

Personnellement j'ai tué des centaines de coquillages depuis des années. Peut-être 15% est parti au barcoding, grand max., le reste gaspillé.
J'ai même perdu un ami collectionneur de la sorte, Serge Rolland qui m'en a voulu énormément d'avoir collecté à Mayotte des centaines de cônes,
alors qu'on entretenait une amitié sans faille depuis des années.

J'espère avoir pu répondre en détail à ta remarque fondée et à laquelle j'adhère à 100%.

Amitiés,
DAVID

Très intéressantes toutes ces informations .....
David, quand tu postes des photos sur le forum, autant que possible privilégie le format 800 x 600 pour plus de visibilité. Merci d'avance.

Très intéressantes, ces informations sur le recueil de l'ADN. J'ai appris plein de choses.

Peut-être David pourrais-tu expliciter quelques termes (barcoding, transcriptome) pour les néophytes :) ?

Quant au débat sur la sur-collecte, il est récurrent ici. En tant que collectionneurs responsables c'est aussi notre intérêt de ne pas mettre en péril une espèce. Mais gardons à l'esprit que - à part quelques cas particuliers - nos ponctions sont infimes par rapport à celles opérées pour la nourriture depuis des siècles, mais aussi par rapport aux prédateurs naturels. Cela n'empêche évidemment pas de remettre systématiquement à l'eau juvéniles (1) et pièces de second choix (2).

(1) Je m'autorise parfois, à fin d'étude, la collecte d'une paire de cônes juvéniles s'ils sont très différents des adultes. Je sais, tuer les bébés c'est mal.

(2) Ça n'a aucun sens pour l'ADN bien sûr.

Excellent David, merci pour ces precisions. Je pense que tu voulais dire "En fait la photo est prise AVANT le tri", et que les juveniles sont retournes a l'eau ensuite, ce qui est rassurant. En fait, a lire ton commentaire, je me rejouis de savoir que tu etais sur cette mission pour recardrer ces satanes scientifiques . Je plaisante, puisque je connais bien Pierre (qui est en passant, plutot un expert des arthropodes, en particulier fourmis et araignees, plutot que cones!) et Fred et moi avons travaille ensemble sur le projet CONCO...
 
Bref, tout ca pour dire que je connais bien ces comperes, leur projet, ainsi que l'etude des cones (pas pour me la peter, mais c'est mon sujet d'etude depuis plus de 10 ans!). Pour repondre specifiquement a tes questions / ou commentaires:
 
- "Tu me parles de résultats sur quoi ? Le barcoding ? Le venin ? Le transcriptome ?", bah en fait un peu tout ca ! Je viens de publier le transcriptome / proteome de Conus marmoreus, et tout ca a partir d'un seul specimen sacrifie...puisque le venin je l'ai "milke" sur les animaux vivants. Pourtant, je ne pense pas avoir 5 ans d'avance technologique sur la concurrence...quoique!

Pour revenir sur le nombre de specimens, je suis d'accord avec toi, 3 me semble un bon compromis pour la plupart des especes. Cependant, un seul specimen n'est pas forcement un inconvenient, je dirai meme que cela peut etre un avantage...Par exemple, lorsque que tu "pool" plusieurs individus, tu risques de melanger plusieurs especes (pense par exemple a frigidus, flavidus et autres sanguinolentus!), et tes resultats sont fausses et quasi inutilisables - avec un seul specimen, meme s'il y a erreur d'identification, elle sera vite reperee et les resultats seront toujours valable une fois la bonne espece validee.

"Regardez les pêches aux Marquises du MURORSTOM 9 : Conus marchionatus sur la station Ilot Tenuaua, 10-15m 78 lv !!!!!!! Sur le même spot il a été pêché 78 cônes de la même espèce... ça fait pas pitié ?" Alors ca oui, c'est honteux, surtout de la part d'un museum...c'est quelque chose de recent? Si oui, c'est vraiment choquant que de telles pratiques puissent se perpetrer encore aujourd'hui...rien ne peux justifier un tel prelevement!!!

"Quand je vivais sur Moorea, un labo US m'a contacté pour que je leur envoie vivants 200-300 Conus textile. j'ai refusé". Alors ca, j'ai bien un petite idee de qui ca pourrait etre...tu pourras peut-etre m'en dire plus un jour si on se rencontre (je rentre en France l'annee prochaine, je serai base au CNRS de Montpellier...).

"Le soucis c'est qu'en tant que collectionneurs, nous on fait pire. Les coquillages sont tués sans apporter de valeur scientifique". Oui, mais les scientifiques brisent les coquilles, qui aux yeux des collectionneurs, ont beaucoup de valeur...la meilleure solution, a mon avis, c'est d'arriver a etablir une relation de confiance entre les 2 parties, qui du coup peuvent chacune en tirer un avantage. C'est ce que Thierry et moi avons reussi a mettre en place, et je suis ravi de pouvoir lui rendre les coquilles des specimens qu'il me peche vivants ou de lui apporter des coquilles de cones disseques au labo...on tire ainsi le maximum de chaque specimen sacrifie, pas de "gachis"!

Apres, ce projet Venomics, c'est quand meme pour la bonne cause, alors ces specimens ne seront pas mort pour rien. Mais les scientifiques sont souvent percus comme imbus de leur personne, et facile donneurs de lecon. Il est donc important de montrer le bon exemple.

Sur ce, je te souhaite un bon sejour au paradis - de mon cote je pars aussi en vacances avec femme et mes trolls, mais dans le bush Australien!!!

Ah oui, et pour le jargon scientifique, quelques petites definitions, si ca peut aider:

Je vais m'essayer a la metaphore, attention!

- genome: c'est l'architecte, il a tous les plans pour faire la maison. Cette information est codee par une molecule, l'ADN. Le genome est unique et immuable. C'est ce qui fait qu'un ane est un ane, qu'une souris est une souris...etc.

- transcriptome: c'est le plombier, le platrier, le peintre...il ne sait pas construire la maison en entier, mais c'est lui qui assure une partie de la construction / finition. Cette information est egalement codee par une molecule, l'ARN. C'est le plan pour faire un rein, un foie, ou une glande a venin...au contraire du genome, le transcriptome peut varier en fonctions de divers parametres (saisons, age, sexe...etc).

- proteome: c'est les briques et les parpaings! Dans la realite, ces sont des proteines, ou les toxines de la glandes a venin...

voili voilou, il a sorti sa science

Merci, bel exercice de vulgarisation :)

merci gauguini pour ces explications indispensables au commun des mortels pour bien profiter de vos infos.
bernard

Excellent sujet, on y apprend beaucoup de choses sur les pratiques de recherche.
De mon côté, je tente de développer une démarche dans le domaine de l'art biotech' qui s'approche pas mal du thème abordé ici. Ce projet étant depuis 10 ans "en cours de réflexion", je vais suivre avec intérêt toutes les infos sur Venomics pour tenter d'accélérer le processus...
Pouvez-vous me dire quel labo mène les études d'analyse des échantillons ?

Merci à nos chercheurs du forum de nous donner un peu de leur temps pour partager ces information très intéressantes.  
AA++
Clément

il ne faut pas oublier que meme si les recherches sont tres chéres,les sponsors qui sont derriere,ne sont pas des philantropes ,et que s'ils aident les chercheurs ,c'est pour leur bizness.
voir l'affaire du sida...
je suis aussi pharmacien!

Salut ! Un petit coucou de Polynésie !!! Donc Sébastien alias gauguini, tu es Sébastien Dutertre c'est ça ? Pierre & Fred. m'ont beaucoup parlé de toi !!!! :) Ma femme s'appelle Dutertre aussi... qui sait ? Son Papa vit en Polynésie, c'est pas de ta famille des fois ?

Ce que tu fais est très intéressant, en tout cas cela me passionne aussi.

En fait quand je parlais d'après le tri, je voulais dire après la séparation des espèces puis vient le tri.

Tu peux trouver la liste des prélèvements de la mission Marquises sur le net.

Pour en revenir sur les prélèvements, Pierre et Fred. sont très professionnels et ils n'ont jamais gaspillé le moindre spécimen, même à 22h00, alors qu'ils avaient déjà 3h de dissection, ils ont toujours terminé le job.

Une mission identique récente dans un autre coin du Pacifique a laissé des centaines de cônes pourrir au soleil... par faute de temps de dissection... lol ben fallait se coucher plus tard les p'tits gars... non mais !

J'ai souvent joué les rabats joie pendant ces deux missions et Pierre se rendait fou sur le bateau à me voir remettre à l'eau leur pêche de 3h...

A Mayotte nous avons séparé chaque spécimen et tout a été barcodé séparément donc, un gros travail. Et puis cela a permis de vérifier mes identifications !

Je reviens aussi sur la collaboration, collecteur-chercheur. J'ai pour être franc, collaboré depuis très longtemps pour le barcode et envoyé à mes frais de nombreux prélèvements. Ni merci, ni rien, bien sur pas de retour et pire on m'a même abîmé des prélèvements (tous mes prélèvements de la Martinique perdus par manque de sérieux, il y avait des espèces pas fréquentes comme C. boui rouge et C. boui jaune). Bref, je suis assez déçu. Après j'ai bien aidé aussi C. Meyer pour résoudre ses soucis d'arbres phyllo. identifiés pourtant par de grands spécialistes comme A. Kohn, mais qui avaient commis quelques grosses erreurs comme quoi on est pas si mauvais que cela...

Sur ce,
A+++++
DAVID à Moorea